El Rayo Vallecano ya conoce el calendario que deberá cumplir para intentar asaltar alguno de los puestos que dará derecho a subir a Primera División. Los de Sandoval se estrenarán fuera de casa, visitando al Elche, y cerrarán la temporada también lejos de Vallecas, cuando a mediados del mes de junio de 2017 acuda a Sevilla a enfrentarse al filial sevillista. Estos son los emparejamientos de los vallecanos esta temporada.
Primera vuelta
Jornada 1. 21-8-2016. Elche - Rayo
Jornada 2. 28-8-2016. Rayo - Valladolid
Jornada 3. 4-9-2016. Almería - Rayo
Jornada 4. 11-9-2016. Rayo - Mallorca
Jornada 5. 18-9-2016. Mirandés - Rayo
Jornada 6. 21-9-2016. Rayo - Getafe
Jornada 7. 25-9-2016. Reus - Rayo
Jornada 8. 2-10-2016. Rayo - Cádiz
Jornada 9. 9-10-2016. Oviedo - Rayo
Jornada 10. 16-10-2016. Rayo - Numancia
Jornada 11. 23-10-2016. Rayo - Girona
Jornada 12. 30-10-2016. Tenerife - Rayo
Jornada 13. 6-11-2016. Rayo - UCAM Murcia
Jornada 14. 13-11-2016. Lugo - Rayo
Jornada 15. 20-11-2016. Rayo - Huesca
Jornada 16. 27-11-2016. Levante - Rayo
Jornada 17. 4-12-2016. Rayo - Alcorcón
Jornada 18. 11-12-2016. Nástic - Rayo
Jornada 19. 18-12-2016. Rayo - Zaragoza
Jornada 20. 8-1-2017. Córdoba - Rayo
Jornada 21. 15-1-2017. Rayo - Sevilla At.
Segunda Vuelta
Jornada 22. 22-1-2017. Rayo - Elche
Jornada 23. 29-1-2017. Valladolid - Rayo
Jornada 24. 5-2-2017. Rayo - Almería
Jornada 25. 12-2-2017. Mallorca - Rayo
Jornada 26. 19-2-2017. Rayo - Mirandés
Jornada 27. 26-2-2017. Getafe - Rayo
Jornada 28. 5-3-2017. Rayo - Reus
Jornada 29. 12-3-2017. Cádiz - Rayo
Jornada 30. 19-3-2017. Rayo - Oviedo
Jornada 31. 26-3-2017. Numancia - Rayo
Jornada 32. 2-4-2017. Girona - Rayo
Jornada 33. 9-4-2017. Rayo - Tenerife
Jornada 34. 16-4-2017. UCAM Murcia - Rayo
Jornada 35. 23-4-2017. Rayo - Lugo
Jornada 36. 30-4-2017. Huesca - Rayo
Jornada 37. 7-5-2017. Rayo - Levante
Jornada 38. 14-5-2017. Alcorcón - Rayo
Jornada 39. 21-5-2017. Rayo - Nástic
Jornada 40. 28-5-2017. Zaragoza - Rayo
Jornada 41. 4-6-2017. Rayo - Córdoba
Jornada 42. 11-6-2017. Sevilla At. - Rayo